Die Pfahlbauer bauten ihre Dörfer an den Seeufern. Bevorzugter Baugrund waren seichte Strandplatten und Untiefen. Die Pfähle rammten sie in die weichen Seeablagerungen. Die steinzeitliche Pfahlbausiedlung Zürich-Opéra zeigt, dass dort die Häuser auch auf Plattformen im Wasser standen. Es gibt aber auch ebenerdig konstruierte Pfahlbauten und solche, die in der feuchten, zeitweise überschwemmten Uferzone errichtet wurden.
Das Seeufer bot einige bedeutende Vorteile: an den fischreichen Gewässern liess sich eine wichtige Nahrungsquelle direkt erschliessen und die Lage am Seeufer bot wohl auch besseren Schutz vor Feinden als ein Dorf an Land. Aber einer der wichtigsten Gründe war verkehrsgeografischer Natur: Die Landschaft war nicht wie heute offen, sondern dicht bewaldet. Die wichtigsten Verkehrswege waren Seen und Flüsse, über die man mit dem Einbaum weiter entfernte Ziele viel schneller als zu Fuss durch den Wald erreichen konnte.